Szkołę średnią ukończył w 1856r. w Warszawie, w tym czasie był nauczycielem synów Anny Kisielnickiej - przyjaciólki Narcyzy Żmichowskiej.

   Około 1858r. nawiązał kontakt z "białymi", brał udział w organizowaniu Towarzystwa Pomocy Naukowej w Warszawie. Jako stypendysta władz oświatowych Królestwa Polskiego rozpoczął studia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Moskiewskiego, a po roku przeniósł się na filologię, którą ukończył w 1860r. ze stopniem kandydata nauk.

   Po powrocie do Warszawy współpracował od t. r. z Warszawskim Towarzystwem Dobroczynności, początkowo jako kierownik kursów niedzielnych dla służących, następnie jako doradca i egzaminator w zakładach towarzystwa. Uczył w szkołach prywatnych. W latach 1861-62 pomagał w zakładaniu Szkoły Głównej.

   W 1862r. został nauczycielem języków starożytnych w szkole realnej, a następnie w III gimnazjum państwowym w Warszawie (późniejsze IV gimnazjum); uczył równocześnie w niedzielnej szkole handlowej. W latach 1866-70 wykładał w pierwszym progimnazjum, a w latach 1870-92 uczył w IV gimnazjum państwowym w Warszawie. W latach 1895-96 był z ramienia Warszawskiego Towarzystwa Dobroczynności opiekunem ochronki nr 27 przy ul. Nowy Świat w Warszawie, zaś od 1895r. pełnił funkcję wiceprezesa Wydziału Ochron i Szwalni. Prowadził równocześnie w swym mieszkaniu stancję dla chłopców, których jednocześnie wychowywał. Na stancji Konopczyńskiego przebywali m. in. późniejszy rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego - K.Żuławski, działacz polonii berlińskiej K.Rose i działacz z okresu pierwszej wojny światowej Z.Wielopolski.

   W 1892r. Konopczyński przeszedł na emeryturę. W 1897r. Konopczyński uzyskał koncesję na otwarcie w Warszawie przy ul. Sewerynów prywatnej 6-klasowej szkoły realnej, przeniesionej w 1900r. na ul. Kopernika. W okresie strajku szkolnego 1905r. podczas wiecu szkolnego (18 II) zdecydowano jednogłośnie przeorganizować szkołę w gimnazjum ogólnokształcące z polskim językiem wykładowym, o kierunku filologicznym i realnym. Szkołą tą kierował Konopczyński do końca życia. Po śmierci Konopczyńskiego byli wychowankowie szkoły ufundowali nowy budynek szkolny (3 IX 1913).

   W 1919r. szkoła została przekazana państwu i przemianowana na Gimnazjum im. Adama Mickiewicza. W grudniu 1936r. w czasie zjazdu byłych wychowanków szkoły Konopczyńskiego, uchwalono przemianowanie ul. Sewerynówki na ul. E.Konopczyńskiego, a nadto ufundowano pomnik z tablicą pamiątkową. Podjęto również prace nad księgą pamiątkową szkoły. Konopczyński wchodził w skład redakcji "Przeglądu Pedagogicznego", drukował w tym piśmie wiele artykułów (część z nich podpisywana kryptonimem E-ski, E. K., Em.K.). Prace Konopczyńskiego na tematy pedagogiczne ukazywały się również w "Roczniku Pedagogicznym", "Bluszczu", "Gazecie Polskiej" (listy o wychowaniu), "Zdrowiu", "Miesięczniku Kuriera Polskiego" i lwowskim czasopiśmie "Eos". Współpracował z redakcjami "Wielkiej Encyklopedii Wychowawczej" i "Wielkiej Encyklopedii Ilustrowanej", opracowując hasła z zakresu pedagogiki i historii starożytnej. W 1897r. w ramach Biblioteki Dzieł Filozoficznych, redagowanej przez H.Struvego, wydał tłumaczenie "Wspomnienia o Sokratesie" Ksenofonta. Opracował też podręcznik do nauki języka łacińskiego dla klasy III (1905r.). Konopczyński był również inicjatorem specjalnego funduszu na dokształcanie nauczycieli, na który złożył pierwszy 1000 rubli srebrnych. Konopczyński ożeniony był z Bogumiłą z Rustejków i miał dwóch synów: Stanisława - inżyniera i Karola - chemika; oraz przybraną córkę - Karolinę Ślusarską.